Meeting special du RDI BMB

Mardi 16 mai 2023 — 8h30-14h00
salle -107M de chrono-environnement

Ce meeting est l'occasion de discuter des thématiques du réseau. Des présentations de partenaires locaux et membres du réseau (en particulier doctorants et post-doctorants) sont prévues.

À l'approche de la date, nous établirons la liste définitive des exposés en fonction des intentions indiquées lors de l'inscription. Merci donc de signifier votre intérêt en vous inscrivant au plus tôt.

Les inscriptions sont closes. Vous pouvez cependant nous contacter pour venir suivre les exposés.

Programme

Résumés des exposés

Modélisation de la dynamique du tissu adipeux

Chloé Audebert

Le tissu adipeux (gras) joue un rôle central dans la pathophysiologie des maladies liées à l’obésité : les cellules adipeuses peuvent croître, et leur nombre peut aussi augmenter pour gérer le stockage des lipides. Il est important de comprendre l'évolution des tailles des cellules adipeuses pour entre autre comprendre les mécanismes impliqués dans les maladies liées à l’obésité.

Nous possédons des données de tailles cellulaires à très haut débit avec environ 20 000 cellules par échantillons, ce qui nous donne des distributions de taille très précises.

Nous proposons un modèle basé sur une équation aux dérivées partielles structurée en taille pour décrire la dynamique du tissu adipeux. Après une discussion de l’identifiabilité des paramètres, nous présenterons une estimation des paramètres du modèle s'appuyant sur une méthode CMAES. Nous validerons notre méthode avec des données synthétiques générées par le modèle, puis nous discuterons les valeurs de paramètres obtenues à partir des distributions mesurées chez plusieurs rats.

Multiscale models of the CD8 T cell Immune response: Mathematical and Computational Approaches

Fabien Crauste

Immune cells allow a priori fast and efficient responses against non-self agents. They rely upon the ability of the organism to identify threats and trigger the most appropriate reactions. Cytotoxic immune responses aim in particular at inducing infected cell death, and to do so they integrate early on information about the nature of the infection in order to perform an appropriate differentiation program. This leads to an important inter-individual variability in terms of cell counts and temporal dynamics among individuals of a given population (for instance, mice or humans).
Most theoretical models of immune responses, either mathematical or computational models, usually consider only population-aggregated values such as mean and standard deviation. I will discuss complex, multiscale models of the T cell immune response, accounting for coupled descriptions of both molecular and cellular dynamics, and I will show that it represents an original tool for investigating the influence of early molecular events on the long-term cellular dynamics in silico.

Three-prey switching behavior of two generalist predators with asymmetric intraguild predation: a coyote-fox-two rodents system

Ségolène Lireux

Living species interact with each other in complex food webs, mostly via predation, a phenomenon that yielded many modelling research studies. Previous work has been done with one predator and multi-preys systems. Among them, one has the originality of including a multi-species functional response component of the predator so that the plasticity of the predator’s feeding behaviour in the face of several prey can be taken into account (see Baudrot et al., 2016, Ecology).
The present talk focuses on the extension of this latter model incorporating several predators. As a study case, a concrete application focuses on a system in North America composed of coyotes and foxes as generalist opportunistic predators and two rodent species, meadow vole and deer mouse, as preys. This system is particularly relevant to study because it includes a well-known multi-predator effects that is intraguild predation (a prey and a predator share a same prey). Here, coyotes eat foxes, while both also share rodent species as preys. The proposed model is described by ordinary differential equations and multi-prey functional responses of Holling III shape. These latter formulations able to model switching behaviour of both predators, that is a change of preference for a prey with a variation of its relative density. This phenomenon, that has already been studied for one predator and two prey systems, is now extended to a more complex community, with 3-prey species and one predator eating another. New interesting patterns can be observed and described.